姜瓖起事之初，清廷企图采取招抚政策。顺治五年（1648年）十二月初十，多尔衮遣使者向姜瓖解释阿济格等领兵驻大同只是为了防御北方蒙古部族侵扰，别无他意。接着宣布姜瓖若能悔罪归诚，仍将“照旧恩养”。然而，姜瓖与清廷相互猜疑深重，此事已覆水难收。多尔衮见解释无果，决心用武力解决问题。

　　顺治六年（1649年）正月初四，清廷派遣都统巴颜、副都统鄂洛索臣率劲旅赴阿济格军，合围大同。二月十四，多尔衮亲统军队出居庸关，征讨大同。三月初四，督兵攻克浑源州。三月初十，招降应州和山阴县，进抵大同城下。多尔衮亲至大同城外围，以最高权威遣谕姜瓖投降，允许自新。姜瓖则借口军民胁其起事，多尔衮怒其傲慢，命清军准备器具攻城。不料，北京来信，多尔衮的亲弟多铎感染天花，生命危在旦夕，多尔衮无心恋战，遂还京师，留阿济格围攻大同。这时，外长城助马路（今助马口）、得胜路（今得胜堡）的反清武装来支援姜瓖。二十七日，姜瓖亲率1000多名骑兵出城接应援军，遇清护军统领鳌拜等诸将拦截，战败回城，援兵亦被击退。至此，大同成为一座孤城。到当年六月，清军虽然攻克了山西响应姜瓖起事的部分州县，形势有所好转，但多尔衮仍然担心在山西被牵制的兵力太多，旷日持久必将影响全国战局，于是他决定再次亲征大同。这次亲征历时一个多月，到八月份回京之时，虽无重大战果，但是大同城里的粮食消耗已尽，“兵民饥饿，死亡殆尽，余兵无几”，被围困的姜瓖已是强弩之末。在外援无望的情况下，姜瓖部下杨振威变节，暗中派人出城向围城清军投降。八月二十八，杨振威带领六百余名官兵叛变，杀姜瓖与其兄姜琳、弟姜有光，出城投降。次日，清军进入大同城。多尔衮闻讯，谕令阿济格：除杨振威等23名官员及家属并所属兵士六百余名外，大同城内其余官吏兵民全部诛杀，大同城墙拆去五尺，借以泄愤。至此，姜瓖先降后叛以失败告终。

　　由于姜瓖这个反复小人以及野蛮的清军，大同的百姓在这次战争中遭到了残酷的屠杀。除了在《重修大同镇城碑记》的描述外，还可以从一些档案中窥见一个个血迹斑斑的历史场面。在《明清档案》中，有顺治六年（1649年）十一月二十一日宣大巡按金志远的题本，其中叙述了大同和大同左卫两座城里的监狱关有重犯五名，由于“城破尽屠，无凭究拟”，人都杀光了，无法找到原告和证人，新任地方官只好题请销结案件。顺治七年（1650年）十二月，清宣大总督佟养量在其向清廷的报告中叙述道：“大同、朔州、浑源三城，已经王师屠戮，人民不存。”由此可见，这场战争巨大的破坏性。